Il Consiglio di Stato, Sezione Sesta, con la sentenza n. 5.627 depositata il 14 luglio 2026, ha respinto l'appello proposto dal Ministero delle imprese e del made in Italy e dall'Agenzia delle entrate contro la sentenza del TAR Lazio n. 15039/2025.
Diventa così definitiva, nel giudizio amministrativo, l'illegittimità del diniego di certificazione del credito d'imposta ricerca e sviluppo (art. 23 del D.L. 73/2022) fondato sull'applicazione dei criteri del Manuale di Frascati 2015 ad annualità anteriori al 2020.
Un dato distingue questa pronuncia dalle molte che l'hanno preceduta: l'oggetto del giudizio non è un atto di recupero dell'Agenzia delle entrate, ma un diniego di certificazione del MIMIT. Il massimo giudice amministrativo si è quindi pronunciato sul cuore della procedura introdotta dal D.L. 73/2022, fissando il parametro di legittimità dell'istruttoria ministeriale e dell'attività dei certificatori iscritti all'albo.
La motivazione in quattro passaggi
Primo. Per il quinquennio 2015-2019 il perimetro dell'agevolazione era «compiutamente ed esclusivamente» definito dall'art. 3 del DL 145/2013 e dal decreto interministeriale 27 maggio 2015, secondo il principio tempus regit actum. La prassi coeva era coerente: la circolare 5/E/2016 dell'Agenzia rinviava alla circolare MISE n. 46.586/2009, che individuava nel Manuale di Oslo lo strumento concettuale di riferimento. Nozione di innovazione relativa, misurata sull'impresa, con l'obiettivo di sostenere il miglioramento di prodotti e processi e la competitività del sistema economico, non solo l'incremento dello stock di conoscenze a livello sistemico richiesto dal Frascati.
Secondo. Il Collegio estende il concetto di innovatività «anche ai processi e alle procedure», salva «una specifica distinzione ed esclusione normativa», comunque non applicabile retroattivamente. Per il quinquennio 2015-2019 l'effetto è diretto: il discrimine non corre tra ricerca e sviluppo in senso Frascati e innovazione di processo, ma tra innovazione e routine. L'unica esclusione vigente ratione temporis era quella del comma 5 dell'art. 3, riferita alle modifiche ordinarie o periodiche a prodotti, linee produttive, processi di fabbricazione e servizi esistenti, anche quando migliorative. Cadono quindi le contestazioni che hanno degradato a mera innovazione di processo o organizzativa, e di conseguenza a credito inesistente, attività che il quadro dell'epoca qualificava come agevolabili.
C'è poi un inciso destinato a far discutere. Della ragionevolezza di una norma che escluda processi e procedure dal perimetro dell'innovatività, scrive il Collegio, «potrebbe peraltro dubitarsi». È un obiter, ma pronunciato dal massimo giudice amministrativo lambisce l'architettura del regime successivo al 2020, che separa il credito ricerca e sviluppo dal credito innovazione tecnologica con aliquote differenziate. Le difese potranno spenderlo anche sulle annualità più recenti, ogni volta che la contestazione si risolve nel declassamento dell'attività da R&S a innovazione.
Terzo. L'argomento decisivo è quello a contrario: se il Manuale di Frascati fosse stato applicabile in forza di una presunta natura interpretativa «immanente», «non si spiegherebbe la necessità di un formale intervento legislativo per introdurlo espressamente come parametro vincolante a partire dal periodo d'imposta 2020». Il recepimento operato dall'art. 1, comma 200, della legge 160/2019 ha natura innovativa, non interpretativa. Solo da quel momento i cinque criteri (novità, creatività, incertezza, sistematicità, trasferibilità/riproducibilità) e la novità in senso assoluto sono entrati nell'ordinamento.
Quarto. Cade anche l'argomento unionale. La Comunicazione della Commissione 2014/C 198/01 rinvia all'edizione 2002 del Manuale, che considera R&S l'attività il cui obiettivo principale è conseguire miglioramenti tecnici su prodotto o processo, senza alcun test sullo stato dell'arte del settore. E in ogni caso quella Comunicazione disciplina gli aiuti di Stato selettivi soggetti a notifica: il credito ex art. 3 del DL 145/2013 è una misura fiscale generale, non selettiva, sottratta all'obbligo di notifica preventiva.
L'impatto sulla certificazione
Qui sta la portata sistemica della decisione. La certificazione ex art. 23 del DL 73/2022 vincola l'Amministrazione finanziaria sulla qualificazione delle attività, con nullità degli atti difformi. Se il giudice amministrativo di ultima istanza stabilisce che per il 2015-2019 il Frascati 2015 non è parametro utilizzabile, ne discendono tre conseguenze operative:
- per i dossier relativi a investimenti 2015-2019, la qualificazione va condotta esclusivamente alla luce dell'art. 3 del DL 145/2013 e del DM 27 maggio 2015, con l'innovazione intesa in senso relativo ed estesa a processi e procedure;
- i cinque criteri del Frascati 2015 e la novità in senso assoluto restano il parametro corretto solo dal periodo d'imposta 2020, con il credito ex art. 1, comma 200, della legge 160/2019 e il DM 26 maggio 2020;
- i dinieghi di certificazione già adottati sulla base dei criteri sopravvenuti, per annualità anteriori al 2020, sono esposti ad annullamento in sede giurisdizionale e valutabili in autotutela.
Le linee guida del 4 luglio 2024 vanno aggiornate
Le Linee guida approvate con Decreto Direttoriale del 4 luglio 2024 richiamano i criteri del D.M. 26 maggio 2020 e ammettono l'utilizzo sussidiario del Manuale di Frascati senza un doppio binario temporale esplicito. Dopo questa sentenza, quell'impostazione non regge più per i dossier 2015-2019.
L'aggiornamento delle linee guida è il passaggio più urgente, nell'interesse prima di tutto del sistema di certificazione. La certificazione nasce con funzione deflattiva: dare certezza preventiva alle imprese e ridurre il contenzioso.
Se i criteri applicati in sede di certificazione divergono da quelli che i giudici, amministrativi e tributari, ritengono applicabili ratione temporis, lo strumento perde la sua funzione e alimenta il contenzioso che dovrebbe prevenire.
La revisione dovrebbe muoversi su tre linee:
- introdurre un doppio binario temporale espresso: per il 2015-2019, valutazione ancorata all'art. 3 del DL 145/2013 e al DM 27 maggio 2015, con eventuale riferimento orientativo al Frascati 2002 e al Manuale di Oslo; per il 2020 e seguenti, i cinque criteri del Frascati 2015;
- prevedere il riesame dei dinieghi motivati sul Frascati per annualità anteriori al 2020, evitando alle imprese l'onere di un contenzioso dall'esito ormai segnato;
- coordinare il testo con l'atto di indirizzo MEF del 1° luglio 2025, che già circoscriveva l'azione degli Uffici sul quinquennio 2014-2019.
Gli effetti sul contenzioso tributario
La sentenza non vincola formalmente le Corti di giustizia tributaria, che appartengono a una giurisdizione distinta. Ma consolida un orientamento ormai convergente: dopo il TAR Lazio 15039/2025, nel merito tributario si sono espresse nello stesso senso, tra le più recenti, le CGT di Rimini (n. 34/2026), Reggio Calabria (n. 1528/2026), Latina (n. 168/2026) e Bari (n. 135/2026).
Una pronuncia del massimo giudice amministrativo, resa proprio nei confronti delle due amministrazioni che gestiscono l'agevolazione e i controlli, è destinata a pesare sugli atti di recupero fondati sul Frascati per il periodo 2015-2019 e sulla connessa qualificazione dei crediti come inesistenti, con il relativo termine decadenziale di otto anni.
Cosa fare adesso
- Imprese con dinieghi di certificazione motivati sul Frascati per annualità anteriori al 2020: valutare l'impugnazione nei termini o l'istanza di riesame in autotutela.
- Certificatori iscritti all'albo: per i dossier 2015-2019, ancorare il giudizio tecnico all'art. 3 del DL 145/2013 e al DM 27 maggio 2015, documentando l'innovazione anche solo relativa e di processo.
- Contenziosi tributari pendenti: produrre la sentenza n. 5.627/2026 a sostegno dell'inapplicabilità retroattiva dei criteri Frascati e contestare la qualificazione del credito come inesistente.